疾病的过程，在一定意义上可以说是正气与邪气双方相互斗争的过程。正邪斗争的胜负，决定着疾病的进退，邪胜则病进，正胜则病退。因此，在治疗法则上也就离不开“扶正”和“祛邪”两个方面，即通过扶助正气或祛除邪气，借以改变正邪双方力量的对比，使疾病向痊愈的方面转化。总的来说，各种治疗措施都是根据扶正和祛邪这两个原则而制定的。
扶正与祛邪法概念及其关系
扶正，就是使用补益正气的方药及加强病畜护养等方法，以扶助机体正气，提高机体抵抗力，达到祛除邪气，战胜疾病，恢复健康的目的。祛邪，就是使用祛除邪气的方药，以祛除病邪，达到邪去正复的目的。
扶正与祛邪，虽然方法不同，但二者密切相关，相互为用，相辅相成。扶正，能使正气加强，有助于机体抗御和祛除病邪，也就是说扶正是为了更好地祛邪；祛邪，能够排除病邪的侵害和干扰，使邪去正安，也就是说祛邪的目的是为了保存正气以及有利于正气的恢复。因此，从这个意义上可以说“扶正即可以祛邪，祛邪即可以安正”。但由于在疾病过程中，正气是矛盾的主要方面，任何治疗措施都是通过畜体的生理功能而起作用的，因此中兽医学非常重视机体的内在因素，在扶正与祛邪二者之间尤其强调扶助正气。然而，无论是扶正还是祛邪都要运用适当，做到祛邪而不伤正，扶正又不留邪。
扶正与祛邪的运用原则
扶正，适用于以正气虚为主而邪气也不盛的虚证，具体有益气、养血、滋阴、助阳等方法。祛邪，适用于以邪气盛为主而正气也未衰的实证，具体有发汗、攻下、清解、消导等方法。
1．祛邪兼扶正 
适用于邪盛为主，兼有正衰的病证。在处方用药时，应在祛邪的方剂中，稍加一些补益药。如治年老体虚、久病或产后津枯肠燥便秘的当归苁蓉汤就是一个实例。
2．扶正兼祛邪 
适用于正虚为主，兼有留邪的病证。在处方用药时应在补养的方剂中，稍加一些祛邪药。如治疗奶牛前胃弛缓而有食滞时就应采用此法。
3．先扶正后祛邪 
适用于正虚邪不盛，或正虚邪盛而以正虚为主的病证。如此时兼以祛邪，反而更伤正气，只有先扶正，待正气增强后再去祛邪。
4．先祛邪后扶正 
适用于邪盛正不太虚，或邪盛正虚的病证。如此时兼以扶正，反而会有留邪的弊端，故只能先祛邪，然后再扶正。如阳明腑证之热结肠腑，便闭不通，导致化燥化热而阴伤，则须急下存阴，以免热结愈甚而阴津更伤，故应先泻下热结，待结去后再以养阴生津药物进行调理。
总之，扶正与祛邪是最基本的治则，在临床运用时，要根据病情，灵活掌握，特别是在需要扶正与祛邪同时并用时，应分清主次，有所偏重。