在动物体内，微生物群落最密集的部位是肠道。肠道微生物包括细菌、古菌、原虫、真菌以及病毒，研究表明，每克人的粪样约有10^9～10^10个病毒样颗粒(virus-like particle,VLP)，其中噬菌体是肠道病毒组的主要组成。

噬菌体是一类能感染细菌的病毒，既有具有杀死和清除细菌的能力的烈性噬菌体，也有存在于细菌里并和宿主形成共生关系的温和噬菌体。烈性噬菌体感染其宿主菌后，裂解细菌且释放子代噬菌体，因此能够直接影响动物肠道内多种细菌的丰度、多样性以及代谢。温和噬菌体并不裂解细菌，而是将其基因组整合到宿主细菌基因组中，并随宿主的复制而复制，其中整合至细菌基因组的噬菌体称为前噬菌体（即其本质是核酸）。

当肠道环境发生改变时，前噬菌体才进入溶菌周期，裂解细菌。前噬菌体也是抗生素抗性基因与细菌毒力因子的一个重要来源，并能编码有利于宿主菌生存的相关基因。
噬菌体也可按遗传物质区分，其中双链DNA噬菌体(主要有尾病毒目的肌尾病毒科、长尾病毒科与短尾病毒科)与单链DNA噬菌体(主要是微小噬菌体科)是肠道内丰度最高，通过透射电子显微镜，人们发现人类粪便中噬菌体主要为有尾噬菌体目。RNA噬菌体含量较少，且大部分RNA噬菌体来源于食物中的植物病毒。DNA噬菌体中有尾噬菌体目噬菌体与微小噬菌体科噬菌体的数量往往呈负相关，且有尾噬菌体目噬菌体与微小噬菌体科噬菌体的比例与机体健康密切相关——在肠道炎症性疾病(inflammatory bowel disease，IBD)患者及高脂高糖日粮诱导的肥胖小鼠肠道内，有尾噬菌体目噬菌体数量高，而微小噬菌体科噬菌体数量低。