1）噬菌体具有很强的特异性：一般只感染特定种属的病原菌，不会破坏正常菌群。抗生素由于其广谱性，在用于治疗感染性疾病的同时，往往也会破坏消化道及泌尿生殖道等部位的正常寄居菌，从而导致微生态微生物群落的失衡，引起机会性感染甚至更严重的全身性感染, 同时也可能导致新的耐药性。

2）噬菌体增殖能力强：理论上一次给药，只要宿主菌持续存在，噬菌体就能自我维持。噬菌体药代动力学显示：在适当的条件下，一个裂解周期内平均每个噬菌体会产生200个子代噬菌体，即噬菌体将以200n进行增殖。这就意味着当噬菌体用于治疗时，噬菌体的疗效是随时间而放大的，直到全部杀灭宿主细菌。而抗生素用于治疗，其疗效是消耗型的，往往需要多次给药以维持一定的浓度， 才能达到理想的治疗效果。

3）噬菌体治疗副作用少：目前的研究还没有发现噬菌体治疗会引起严重副反应。也没有噬菌体口服过敏现象的报道。甚至一些免疫缺损的病人服用噬菌体制剂也是很安全的。这一点与抗生素不同，很多抗生素都会有副作用，甚至严重的副作用。所以抗生素使用前一般要对患者进行过敏测试，有些抗生素只有到万不得已的时候才可以使用。

4）噬菌体治疗不受细菌耐药性的限制：噬菌体具有完全不同于抗生素的杀菌机制，不受到细菌已经获得的抗生素耐药性的影响。这就意味着，噬菌体用于治疗可以不用考虑患者所携带的细菌的耐药情况，不仅省去了许多的药敏测试环节，节省了成本，提高了效率，而且避免了很多因延误给药或者不正确给药所造成的人员伤亡（因为很多药敏测试需要花费很长的时间，如结核等）。

5）噬菌体进入机体后没有代谢，不会造成机体的二次污染：噬菌体只在细菌感染的部位发生作用，随着病原菌的死亡而减少，直至消失。而抗生素则进入机体新陈代谢，有些易在体内残留造成二次污染。

6）噬菌体研发周期短，更新换代容易：噬菌体往往只需要通过筛选即可快速得到，制备工艺、周期相对抗生素而言要简单得多。一旦细菌对噬菌体产生了耐受性， 重新筛选新的裂解性噬菌体也是一件相对容易的事情，这就意味着噬菌体产品可以很容易的做到升级和换代。

7）最新研究表明，噬菌体可能是人体正常的微生物群落家族成员之一：在人体的不同部位存在着结构和组成不同的微生态，定植着不同类型的微生物，他们参与人体和外界的物资交换，维持着机体的健康。噬菌体广泛存在于人体的口腔生态群、肠道生态群、阴道生态群、以及皮肤生态群。