辅助噬菌体是一种自身DNA复制效率极低的丝状噬菌体突变型。其基因组具有M13噬菌体的所有功能基因，但IG区是缺陷的，不能被pⅡ蛋白识别，因而辅助噬菌体本身DNA不能进行单链复制。

    辅助噬菌体能为噬菌粒提供pⅡ蛋白和包装蛋白，在辅助噬菌体的帮助下，噬菌粒可以顺利的进行DNA的复制与噬菌体的包装，完成对宿主的侵染（这一过程通常称为超染）。

    常用的辅助噬菌体有VCSM13和M13K07等。

　　辅助噬菌体的工作原理：

    当含有重组基因的噬菌粒转染至大肠杆菌后，再用辅助噬菌体进行超染，辅助噬菌体合成的pⅡ蛋白就会优先识别噬菌粒上的正常基因间隔区（IG region）,启动滚环复制，产生ssDNA，这样所产生的子代噬菌体外壳蛋白所包装的ssDNA主要是来自含有重组基因组的噬菌粒的DNA，并同时展示噬菌粒编码的pⅢ或pⅧ与外源肽段的融合蛋白和辅助噬菌体编码的野生型pⅢ或pⅧ蛋白，确保重组噬菌体能正常感染组装和增值。